1、投資大。通過以上對基質栽培式魚菜共生系統(tǒng)的成本收益分析，系統(tǒng)初始投資金額巨大，要達到 106.8 萬元，這不是普通的中國農民能夠負擔的。而且，在大規(guī)模的投入資金之后，并不會在短期內就立刻見到回報。
2、技術難。魚菜共生系統(tǒng)是一個閉環(huán)的生產(chǎn)系統(tǒng)，不存在害蟲和雜草，不使用肥料和農藥，它的良好運轉主要是依賴于系統(tǒng)中的魚、微生物和蔬菜三者之間的平衡。要想達到這個目標，就要求系統(tǒng)的操作者要對動植物學和生物學有一定的了解，要具備相關專業(yè)知識。而這樣的高要求顯然是高于當前我國農民的基本素質的。
3、風險高。在系統(tǒng)開始自循環(huán)之后，還有一個最大的風險就是系統(tǒng)的不確定性。因為整個系統(tǒng)是一個相互影響的整體，所以其中有任何一個環(huán)節(jié)出現(xiàn)問題，都會導致整個系統(tǒng)的癱瘓崩潰，進而出現(xiàn)無法挽回的毀滅性后果。
想要發(fā)展魚菜共生系統(tǒng)，就要克服系統(tǒng)在技術和管理方面的難題。采用專家講解、現(xiàn)場演示等形式來進行開展這些培訓，進而助推魚菜共生系統(tǒng)的發(fā)展。